Oecolampade étudie le droit et la théologie à Bologne et à Heidelberg où il subit l'influence humaniste puis à Tübingen. Il collabore en 1515 avec Erasme à l'édition du Nouveau Testament. En 1518 il est nommé prédicateur à Bâle puis à Augsbourg, se retire deux ans dans un couvent et rejoint les humanistes de l'Ebernburg où se trouve Bucer.
De retour à Bâle, il s'impose comme le chef de la Réforme dans la ville, Réforme qu'il organise et consolide jusqu'à son adoption officielle en 1529. Oecolampade devient alors pasteur de la cathédrale et chef de l'Église bâloise. Il se sépare des luthériens au sujet de la cène et est un précurseur de Calvin par sa conception de l'organisation ecclésiastique et de la liturgie.
Son influence gagne Ulm, Memmingen et Biberach où il organise la Réforme. Il dirige le parti protestant aux disputes de Bade (1526) et de Berne (1528) et participe au colloque de Marburg en 1529.
Johannes Oecolampade, réformateur de Bâle et humaniste érudit, a laissé une oeuvre importante dont des traductions des Pères et des commenaires des Prophètes.