In epoca romana si chiama Capris, e fa parte della X Regio - Venetia
et Histria - dal 27 a.C.
Dopo la caduta dell'Impero romano d'occidente è bizantina e si chiama Giustinopoli, è inclusa nel Patriarcato
di Aquileia.
Nell'804 protesta contro le angherie del S.R.I. col Placito del Risano.
Nel 1279 è sottomessa a Venezia, si ribella nel 1348, ma viene sconfitta, in questo periodo compare il nome
Caput Histriae.
Nel 1381 è occupata e saccheggiata dai Genovesi durante la Guerra di Chioggia.
Nel 1797, col Trattato di Campoformido viene ceduta da Napoleone all'Austria.
Compare ora il nome di Capo d'Istria, ora quello di Capodistria (più recente).
Nel 1805, con la Pace di Presburgo, è inclusa nelle Provincie Illiriche del Regno d'Italia di Napoleone.
Nel 1813, con la caduta di Napoleone, passa di nuovo all'Austria.
Nel 1918, con la sconfitta dell'Austria nella prima guerra mondiale passa al Regno d'Italia.
Nel 1945 viene occupata dall'Armata popolare di liberazione jugoslava, entra a far parte della zona B del
Territorio Libero di Trieste, sotto governo militare, col nome di Koper; tra il 1945 e il 1953 il 90% della popolazione italiana (circa 8000 persone)
lascia la propria città, optando per la cittadinanza italiana.
Con il Memorandum di Londra del 1953 cessa di esistere il T.L.T., la sovranità passa alle autorità civili jugoslave.
Nel 1991, con la Secessione delle Repubbliche jugoslave, entra a far parte della Repubblica di Slovenia.